Antes da criação da cidade de Ubatuba, no século XVI, tivemos acontecimentos como a vinda de Hans Staden e a Paz de Iperoig, e quem habitava esta região onde está nossa cidade, eram os indígenas tupinambá. Em 1534, o rei de Portugal, D. João III, dividiu o Brasil em 15 faixas de terra, e a administração dessas terras foram entregues aos donatários para colonizarem, as chamadas Capitânias Hereditárias. No caso de Ubatuba, estas terras pertenciam a Capitania do Rio de Janeiro, esta que se formou ao norte da Capitania de São Vicente, que tinha como limites pontos litorâneos hoje ocupados por Macaé ao norte e Caraguatatuba ao sul.
Por volta de 1600, Iperoig despertou o interesse dos europeus, porém passou por um processo de ocupação totalmente diferente daquele que tiveram Caraguatatuba, Ilhabela e São Sebastião. Ao contrário dessas três cidades, que pertenceram originalmente ao território da Vila do Porto de Santos, Ubatuba (Iperoig) teve todo o seu processo de colonização ligado ao Rio de Janeiro, sendo o responsável pela fundação de Ubatuba, o governador do Rio de Janeiro, Salvador Correia de Sá e Benevides, Visconde de Asseca, sobrinho neto de Mem de Sá.
Com a paz restabelecida pelo Tratado da Paz de Iperoig, os portugueses empreenderam esforços para aumentar a colonização na região de Iperoig. Desta forma, a Aldeia de Iperoig foi elevada à condição de Vila em 28 de outubro de 1637, recebendo o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. No início, a vila pertencia à jurisdição do Rio de Janeiro, até que uma ordem do rei de Portugal subordinou-a à Capitania de São Paulo.
Para viabilizar a ereção da nova vila, Sá e Benevides destacou o açoriano Jordão Homem da Costa, cuja família, até então, estava envolvida no cultivo de cana-de-açúcar no Rio de Janeiro. Sobre o local que, no passado, abrigara a aldeia de Iperoig, Homem da Costa tratou de providenciar as condições mínimas exigidas à época pela Coroa Portuguesa para que o pequeno povoado ali existente pudesse ser elevado à condição de Vila. Dentre essas condições estava a construção da câmara, da cadeia e da igreja. O local para servir de sede da nova Vila foi escolhido pelos povoadores levando em conta os mesmos motivos que induziram os indígenas a ali estabelecerem sua aldeia.
Outra Curiosidade Histórica: Ubatuba foi fundada durante um período que o Brasil “pertencia” a Espanha
Entre 1580 e 1640, a sucessão do trono de Portugal ficou complicada e a governança esteve sob domínio espanhol incluindo as colônias portuguesas. Portanto, Felipe II, o rei da Espanha, também era o rei de Portugal, em 1637, momento que Ubatuba foi fundada. Várias outras cidades foram fundadas nesta mesma época: São Sebastião, Paraty, Taubaté entre outras. Isso fazia parte de uma política para conquistar estes territórios que ainda estavam “virgens”, pois quem habitava eram os indígenas. Quando eles foram expulsos, este território ficou “meio que ameaçado”.
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